時任 兼作
東京国際大学の村井友秀によると、日本の国民やメディアが孔子学院を詳しく調査することが増えてきているという。村井氏を含む専門家らは、われわれにこう語った。孔子学院の目的を疑う国民が増えてきており、多くの人が孔子学院が中国のプロパガンダや情報収集に従事しているとみなしていると。
村井は、資金繰りに窮する日本の大学は経済的な理由で孔子学院を歓迎せざるを得ないことが多いと指摘する。しかし、産経新聞などの保守的なメディアやそれに共鳴するひとたちは孔子学院に批判的であり、同学院を閉鎖するよう大学に圧力をかけている。村井は、日本の大学は一般の人々に同調しない形で政治化してしまったとの見方も示している。すなわち、大学はいまだ左翼、マルクス思想に支配されているのに対し、国民はもっと右翼的であり、愛国的であると。大学は、このまま中国共産党と日本の納税者の双方から支援を受け続けていくとすれば、やがて行き詰まってしまうかもしれない。
日本にある15の孔子学院はすべて私立大学に設置されている。つまり、日本のトップ大学である東京大学をはじめ、国公立大学傘下には置かれていない。国公立大学は原則として孔子学院を受け入れたくないのではないかと示唆する専門家もいる。
2007年4月、日本の名門私立大学のひとつである早稲田大学は、北京大学と提携し、若手研究者を育成して共同研究を進め、研究論文を発表することを目的とした世界初の研究指向型の孔子学院を設立した。現在、早稲田には2775名の中国人学生（留学生の半数以上）が在籍しているが、1万人以上の日本人学生の一定数が孔子学院を介して中国語の授業を受けている。
日本でも、孔子学院に対する国際的なキャンペーンが動き出している。たとえば、2017年11月、ワシントンD.C.を拠点とする「Citizen Power Initiatives for China〈中国のための市民権イニシアティブ〉」が東京で開催した「Interethnic/Interfaith Leadership Conference〈人種・宗教を問わない首脳会議〉」の場で、孔子学院についてのカナダのドキュメンタリー映画「In the Name of Confucius〈孔子学院という名のもとに〉」が上映された。